
Στην επόμενη φάση προκρίθηκαν οι 11 ομάδες από τα ζευγάρια της 5ης φάσης και μαζί με τις 5 πρώτες της περυσινής Σούπερ Λιγκ, συνθέτουν την φάση των "16". Για την κλήρωση χωρίστηκαν σε 2 γκρουπ, όπου στο πρώτο είναι οι 5 πρώτες ομάδες της περυσινής Σούπερ Λιγκ, μαζί με τις 3 που βρίσκονται στις υψηλότερες θέσεις της Σούπερ Λιγκ κατά προτεραιότητα, ή της Σούπερ Λιγκ 2 κατά συνέχεια.
Συνεπώς στο Κύπελλο Ελλάδος συνεχίζουν 13 ομάδες της Σούπερ Λιγκ, μία ομάδα από τη Σούπερ Λιγκ 2 και δύο από την Φούτμπολ Λιγκ. Οι πρώτες αναμετρήσεις θα διεξαχθούν το τριήμερο 7-9 Ιανουαρίου 2020 και οι ρεβάνς την επόμενη εβδομάδα.
Αναλυτικά τα γκρουπ:
Δυνατοί
Ολυμπιακός
ΠΑΟΚ
ΑΕΚ
Ατρόμητος
Άρης
Πανιώνιος
Λαμία
Παναθηναϊκός
Αδύναμοι
Παναιτωλικός
Αστέρας Τρίπολης
Ξάνθη
ΟΦΗ
Βόλος
ΠΑΣ Γιάννινα
Τρίκαλα
Καλαμάτα